元代至正二年（1342年），由天如禪師惟則的弟子為奉其師所造，初名“獅子林寺”，后易名“普提正宗寺”、“圣恩寺”。1341年，高僧天如禪師來到蘇州講經，受到弟子們擁戴。翌年（元代最后一位皇帝順帝至正二年），弟子們買地置屋為天如禪師建禪林。

從元朝到鄭正的第二年（1342），由天如禪師惟則的弟子為奉其師所造，整個花園被做成一個稍寬的東西方的長方形。因園內“林有竹萬，竹下多怪石，狀如狻猊（獅子）者”，又因天如禪師得法于浙江天目山獅子巖，取佛經中獅子座之意，故名“獅子林”。

由于林園的興衰，把寺廟、園林、房屋進行了劃分和整合，將傳統的造園技術和佛教思想融為一體，近代貝氏家族將西方的造園技術和祠堂引入園林，使之成為寺廟園林。它融合了禪宗的原則和園藝的樂趣。

1982年3月，獅子林被宣布為江蘇省文物保護單位。2000年11月，在澳大利亞凱恩斯舉行的聯合國教科文組織第24屆世界遺產委員會會議上，獅子林等5個園林正式獲批列入世界遺產名錄。2004年4月，獅子林榮獲國家AAAA級旅游景區稱號。